mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCTCTGTATCTTCGTTGTCA ACGATGAAGACATAGAAGAGC CTTGATTTGATCCTCTGTATCTTCGTTGTCATCACAAAGTTCGTTAATCTCTATTATCAAGTCCGTTGAAGGTCCTTAAGATATTTAAGTTTGAAGAAATTTGTGATGACGATGAAGACATAGAAGAGCAGATCGAG 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR3932a 1e-65 -54.4 (((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((.(((.((((.((..(.(((((((.((......))..)))..)))).)..)).)))).))).))))))))))))))))))).))))).)).))))))))) (-54.40)