mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAAAGCTTTGATGGTGTAGCTAAA TCTTCTTGCATCTCAAAGCTTTGA TCAAAGCTTTGATGGTGTAGCTAAACTCCGTATGAGTCTTTGCCTTTGTATATTCTAACAAGGAAACACTACTTAGGCTTTTAAGCTCCGGTTGCGGTTTAAGTTCTTATACTCAATCATACACATCACATCAAGTTAGTTTTTACTCCAAAACACTAACCAAGTTTCTTCTTGCATCTCAAAGCTTTGA 2 3 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -49.1 ((((((((((((.(((((((..(((((..(((.(((.(((.((((..(((..((((.....))))....)))..))))....)))))).(((((.(((.(((....))).)))))))).)))............((((((.(((......))).))))))..)))))....))))))))))))))))))) (-49.10)