mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCTGGCACGAGGCCCTTAA AATGACGTCGGACCAGGCTT GGGGAATGTTGTCTGGCACGAGGCCCTTAACTTAGATCTATATTTGATTATATATATATGTCTCTTCTTTATTCATTAGTCTATACATGAATGATCATTTTACGGTTAATGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCC 5 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-166 2e-71 ath-MIR166e 1e-72 -42.2 ((((((((..((((((..(((.(.(.((((((.((((.(((((..........))))).)))).....((((((((((.....)).)))))))).........)))))).).).)))..))))))..)))))))) (-42.20)