mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCC AGGAGCACTACCGTCCGGGAAAGGGAAGAAGGACGGATGGTAGCTCTGGGGGTGGTGGTAATG ACGGACCGAATTGCGCATGCCTGGCTCCCTGTATGCCTGCAGGAGGAGCACTACCGTCCGGGAAAGGGAAGAAGGACGGATGGTAGCTCTGGGGGTGGTGGTAATGGTGGTGTCCGTGTG 7 43 5' arm Brachypodium_distachyon pmrd mir-160 0.0001 far-MIR160 0.000006 -49.14 ((((((...((..(.(((((((.((((((......((....)).(((((((((((((((..............)))))).)))).))))))))))).).))).))))..))))))))... (-49.14)