mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGACGCCGGGTCTGAAA TTTTCATGGTTGTCGAGGGGAATGACGCCGGGTCTGAAAGAAAGAAGGGGGCACGCCGGGAATGACAGCGGTTCCCTAGCTCTTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCATGACTCGACCATGG 2 0 3' arm Brachypodium_distachyon pmrd mir-166 0.0000001 bdi-MIR166a 8e-64 -69.7 ....(((((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((....(((((((.(((.(.......).))))))))))...))))))))))).))).))))))))).))))..))))))). (-69.70)