mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCAGGTTGTCCTTGGCTACA GCAGAGAAGGGGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGACTCCTGGTGTTGGGGGAATTGCAGCTTTGTTGAGCCTTGAGTTAGCCGGCAGGTTGTCCTTGGCTACACCTAGTTCTCTTCTTCT 4 0 5' arm Brachypodium_distachyon pmrd MIR169_2 3e-23 bdi-MIR169c 5e-62 -55.9 (.((((((.(((.((.(((((((((..((((((((.(((((......))))).......((((....))))...........))))))))..))))))))).)))))..)))))).).... (-55.90)