mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATTTGGA TCGTCCATGTATCCATATTTCATTGCCGAAATATTACATGTGTATCTAGACGTTTTTTACACATAGATACATCCGTATTTGGACAAATTTGAGACGAGTAATAGAGATCGGATGGAGTACAATTTTTTCCCCTTCTTATCTGGTCACCACATACACAAATTTGCACAGAACTGAACCACG 4 131 3' arm Brachypodium_distachyon pmrd MIR1122 1e-20 bdi-MIR1122 2e-99 -37.61 .....((((((...(((((((......))))))))))))).(((((((...((.....))...))))))).((.((.((((..((((((((...(........).((((((((((((.........)))).......))))))))..........))))))))..)))))).))...... (-37.61)