mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGTAACATACACTAGTAACA ATATTAAAGTAGTAACATAT TCCTCTGATTGGACTATTATTTGTTCGCACTATCACGAGGCTTGAGGCTGGTCACAGTGGCGAGTAACATACACTAGTAACATGCATATATTAAAGTAGTAACATATAAGTCTCATTTAT 8 1 5' arm Brachypodium_distachyon pmrd 100 bdi-MIR1139 8e-64 -24.2 .(((((((((((((........)))))....)))).))))..(((((((.(((.....)))..((.((.(((..(((((.........)))))..))))).)).....)))))))..... (-24.20)