mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTAAGTCAATCTCTAAAT TCGGACATCAACTTAGATGC GGATCCCCTTTATATCCTGCTTCTAAGTCAATCTCTAAATTCACAAGTCAAATTCAATGCTTATATTTGATTTGTGGATTCGGACATCAACTTAGATGCGGGATATAGGCGGGATCT 6 0 5' arm Brachypodium_distachyon pmrd 100 100 -58.1 (((((((.((((((((((((.(((((((..((.((..((((((((((((((((...........))))))))))))))))..)).))..))))))).)))))))))))).))))))) (-58.10)