mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGACCAACAATTAGACTAA GGTCTAATTGTTGGTCAAAGT GCTTTGACCAACAATTAGACTAATGGTTTGAGGCTTATGAGTTACAAAAATTATATCATTAGATTCGTATTTAAAAAACCTTTCCAACGATATAAAATTTGTAACATATAATCTACATACAATTGGTCTAATTGTTGGTCAAAGT 0 0 5' arm Brachypodium_distachyon pmrd 100 100 -55.2 ((((((((((((((((((((((((.((.((.((.(((((.((((((((..(((((((.((.((...((.........))...)).)).)))))))..)))))))).))))).)).)).)).)))))))))))))))))))))))) (-55.20)