mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTCTAATTGGTGGTCAAA TGACCATCAATTAGACTAACAAAATG CTTTGACCATCAATTAGACTAACAAAATGTGAATGATGTGTTATAAAAATTATAAAAATTACACATTGGTCTAATTGGTGGTCAAAG 0 5 3' arm Brachypodium_distachyon pmrd 100 100 -35.4 (((((((((((((((((((((.....(((((..((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))))))))))))))))) (-35.40)