mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAATGACGCCGGGTCTGAAAG TTCGGACCAGGCTTCATTCCC TCATGGTTGTCGAGGGGAATGACGCCGGGTCTGAAAGAAAGAAGGGGGCACGCCGGGAATGACAGCGGTTCCCTAGCTCTTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCATGACTCGACCATGG 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon pmrd mir-166 0.0000001 bdi-MIR166a 5e-62 -69.7 .(((((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((....(((((((.(((.(.......).))))))))))...))))))))))).))).))))))))).))))..))))))). (-69.70)