mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG AGATATTGGTGTGGTTCAATC CAATACGAGATATTGGTGTGGTTCAATCAGAAAACCACACTCTTTTGTTGTAGAGATCGGTTTGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGAG 3 0 3' arm Brassica_napus pmrd MIR171_1 7e-30 bna-MIR171e 3e-47 -44.2 .....((.((((((((..((((((((((((((((((...((((........))))...))))).)))))))))))))..)))))))).)).. (-44.20)