mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTCAGGAGGGATAGCGCC CGCTATCCATCCTGAGTTCTA ATTTCAGGTGATGTAGTTGAGAAGTAGCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGTCTCACCGGTACTATAAAATGTTTGTATATCTATATTGGCGCTATCCATCCTGAGTTCTATGGCTTCTTCTTGCTTTTATCCTGAGAT 2 0 5' arm Brassica_napus pmrd MIR390 2e-18 bna-MIR390a 4e-78 -64.57 (((((((((((...(((.((((((.(((((((.(((((((((.(((((((((((..........((((............))))........))))))))))).))))))))).))))))).))))))))).))).)))))))) (-64.57)