mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATCTGCATCCTGAGGTTTA ATCCTCGGGATACAGATTACC GCACTTGATGAGGAACTGGTAATCTGCATCCTGAGGTTTAAAAATACATAGGCACATGCAAATGTGTGTATTATAGTTTTTAATCCTCGGGATACAGATTACCTCTTCCTTTTACTGAA 2 0 5' arm Brassica_napus pmrd 100 bna-MIR2111b 3e-63 -51.7 .........((((((..(((((((((.(((((((((.((((((((..(((.((((((....)))))).)))....)))))))).))))))))).)))))))))..))))))........ (-51.70)