mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GCAGCACCATCAAGATTCACA CGTTTTTTGTAGGCGCAGCACCATCAAGATTCACATGGAAATTGAAAAATCTCCTAATTTTTAATTAGGGTTTTGATATGTATATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCAACAACCGACG 4 0 3' arm Brassica_oleracea pmrd mir-172 1e-59 bra-MIR172a 3e-63 -43.9 ((((..((((.(..((((((.(((((((((((.((((...((...(((((..((((((.....)))))))))))...))...)))).))))))))))).))))))..).))))..)))) (-43.90)