mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCTT GGAGTGTCATGAGAACACGGA TCTCAAAGGAGTGTCATGAGAACACGGATCCTCTTGTTTCTTTAAGATTTCCACTGAAACCATTGAGTATTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGAA 3 0 3' arm Brassica_oleracea pmrd MIR398 2e-20 bol-MIR398a 5e-49 -34.66 ..(((((((.(((.(.(((((((((((...(((..(((((...............)))))....)))..))))))))))).).))).))))))). (-34.66)