mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GGGCTCCTTATAGTTCAAACG AAGTAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTAATCCTTATATATAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACA 1 0 3' arm Brassica_rapa pmrd MIR159 4e-67 bra-MIR159a 2e-102 -77.8 ..((((((((((((.(((((((((.((((((..((((((((((...((((((.((.((.((((.(..(((((((((..(((((((.........))))))).)))).)))))..).)))).)).)).))))))...))))))......))))...)))))).))))))))).)))))))))))). (-77.80)