mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTATGAGGAGCCATGCATA TATGTGTAGTTGTATAAGATGTGTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATCCTCTAAGCTCATCGACCATTGATGACCTCCGTGAATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATTTTCATATACATTTACATAC 3 0 5' arm Brassica_rapa pmrd mir-160 3e-20 bra-MIR160a 5e-68 -57.1 ..(((((((.((((((.((...((((((.(((((((..(((((((((.(.(..((.(((((((...))))))).))..).).)))))))))..))))))).))))))..)).)))))).))))))). (-57.10)