mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG AGATATTGGTGTGGTTCAATC CGAGATATTGGTGTGGTTCAATCAGAAAACCACACTCTTTTGTTGTAGAGATCGGTTTGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACG 3 0 3' arm Brassica_rapa pmrd MIR171_1 1e-27 bra-MIR171a 4e-43 -42.6 ((.((((((((..((((((((((((((((((...((((........))))...))))).)))))))))))))..)))))))).)) (-42.60)