mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG AGATATTAGTGCGGTTCAATC GGTAACGCGAGATATTAGTGCGGTTCAATCAAATAGTCGTGTTCTCACTTGATAGAGATCGGTTTTGTTCGATTGAGCCGTGCCAATATCACGCGTCAACC 4 0 3' arm Brassica_rapa pmrd MIR171_1 7e-24 bra-MIR171d 1e-52 -43.9 (((.(((((.((((((.(..((((((((((.((((((((...((((........)))).)))..))))).))))))))))..).)))))).)))))..))) (-43.90)