mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGCCAATATC TATTGGCCTGGTTCACTCAGA ACGAAAGAGTCCTCTTTGATATTGGCCTGGTTCACTCAGATCTTCCAGATTACACACGTACTATATACATTCTCTCAGTTATCTGATTGAGCCGCGCCAATATCTCAGTGCTCTCTCGT 2 0 3' arm Brassica_rapa pmrd MIR171_1 5e-56 bra-MIR171e 3e-63 -41.3 ((((.((((..((....(((((((((.(((((((.((((((((...(((.....................)))...))..)))))).))))))).)))))))))..))..)))).)))) (-41.30)