mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GCAGCACCATTAAGATTCACA TGTAGGTGCAGCACCATTAAGATTCACATGGAAATTGAGAAAACCCTAATTTATATTAATTAGGGTTCTGATATGTATATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCAACA 2 0 3' arm Brassica_rapa pmrd mir-172 2e-30 bra-MIR172b 4e-56 -47.8 .((.(((((((((.(((((((((((.((((.....(.(((..(((((((((......)))))))))))).)......)))).))))))))))).))))))))).)). (-47.80)