mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATGAAAGGTATGATTCC AATCATACTTTCATTGATAAT CATCCTGTCTTCACGAGCTTCCTCTAGAAGATGTGCGCAGAGTCTTTCTAAGTCACACTCATAAAAAATTCAAAGAAAAGGAATCATACTTTCATTGATAATGAAATCAATAGAGAGAATGATACTGAGCTCTTACATTCGATTAGATGCGATAATCTTATCCTCTAATTGCTTGTAAGAGCTGATGACCAATGGATCATCCTCTATTGATCTCTTCATCAATGAAAGGTATGATTCCCTTTCTTTGAAATCACTTTTGAATGTGACTAAGAAAGCCTCTACGTACATCTTCTCCGCGGAAGCTCATGAAAACAAGGTAG 1 1 3' arm Brassica_rapa pmrd 100 bra-MIR1885 0 -149.16 ...(((((.((((.((((((((.(.((((((((((((.((((.((((((.(((((((.(((.......((((((((((.((((((((((((((((((((...((.((((((((((............((((((((((..((((((((.(.((((....)))))))))))))..))))))))))(((((((...)).))))))))))))))).))...)))))))))).)))))))))).))))))))))........))).))))))).)))))).)))).))))))))))))..).)))))))).)))).)).)))... (-149.16)