mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGGTGCCATATCCAGGGACC TCCCTGGATATGGCACCTTCG TGCCGGGCTGGGGCCGGGCGGGCTGTGATCGACCTGGAGGTCCCTGGATATGGCACCTTCGAGGTTGTGGTCACACACTCAGTCCGGGGACCTCGGCCCAGTTGCTGGTGCTATGCTCTGACTACCCGACAAGCAAGCTTGGGGCCGCCCCCCACATTGGTCCTGCGGTAGTCAGAACAGAGCACTAGCGACTGGGCCGAGGTAACCCGCACTGAGTGCGTGACCACAACCTCGAAGGTGCCATATCCAGGGACCTCCAGGTCGATCACAGCCCGCCCGGCCCCAGCGCGGCA 0 0 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR905 1e-166 -279.3 .((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((.(((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((..((((....))))((((((..........)))))).).)))))))))).)).)))))))))))))))))))))))..)))).)))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))). (-279.30)