mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGATTGATCCCAGCCAGGC CTGGCTGGGATCAATGCAAG GCCTATGCCTCTGCCGGCCATCAATGGCGCTCACGACAAGGGTGCCATCGTCACCGGTCTAATCTAATGCCAGGCAACCAGGGAAGACACAGGATCCATTTTCTAGTGCCTGGCTGGGATCAATGCAAGATGATAGTTGGATCCTGGACGCCGAAGGCCATCATGCGGTGTCAACCGCATGACGGCCGTTGGCGTCCAGGATCTAGCTGTCGTCTTGGATTGATCCCAGCCAGGCGCTTGGAGATGGACCCACGGTCTTCCCTCCCTTGTTGCCTGGGTTCCGAGCAGACCGGCGACGATGGCACCACCGTCGTTGGCTCCAGGGCATTGACGGCCCGGCGGAGAACCAGGC 1 0 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR912 0 -259.9 ((((....(((((((((((.((((((.((((.(((((...((((((((((((.(((((((..((.....(((((((((.(((((((((...((.(((((((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((....))))))))).)))).))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))))))).))...))))))))).....))))))))).....))..))))))).))))))))))))...))))).))).....).)))))).)).)))))))))....)))) (-259.90)