mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGATAATGCCGTGAATTTG AATTCGCATGCCCTATCTTGTG CAATATGTTAGTGCGCTTGGCGAATTCGCATGCCCTATCTTGTGGTATGAACTGAGCACACGATAATTTATGGTGCGTATTGGGGGCTTACAATAAGATAATGCCGTGAATTTGCTAAGCGTTCAAACCCACT CCAAGCTGTGGCACCGAGCCGGTCCCGTAGGGCTCCGGTGCTGCTTTCCTAAAGCGCGGGAGCGCACTCTCTTCGCATCCCCATTAAGCTGCACCGCACTGAAAGTTGTTTGTCCCCTGGCTCCATGTGACATGCCTAGCGAGAAACGGCACCGCACCGAAAGTTGTTTGTCCCCTGCCGTTAGCTCCATGTGACATGCTCAGCCAGGAACAAATGGGAGAGCGATTGTCTTCTCTCTTAGCTTTTTTCATATGGCGTCCGCTGAAAGTTTTTTTGTCGCCTGGTTAGAGAGCTTACTCGTCGAGTGCCTATAGAAGGGAACGTTACGAAATGAAAGAAGCAGACTCAAGTATAGCATATAACTCATATTTGTAGACTTTATCATTGGTGTAAGCTTCAATATGTTAGTGCGCTTGGCGAATTCGCATGCCCTATCTTGTGGTATGAACTGAGCACACGATAATTTATGGTGCGTATTGGGGGCTTACAATAAGATAATGCCGTGAATTTGCTAAGCGTTCAAACCCACTGAAGTGTTGTGTGAAGGTAAATATTTGTAAGTGTTCGTGAAGGGAAAACATGCAAATATTTTCGAATTTATTTTATTTAGAAATGTAGCTGACATATTAAAAAGTTTTACACACAACATTTCATATTAATTAAAAAAAAAAAATATAAAATCGTTCTACTCATTACCCTCATCATCGAAAATTCCGGGAGGGGCTAGGGGCCCTTTTTTCTTTCCCCTTTCTTCCAACACCAACTGGGGAGCCTGGGTCTTTGGAAAAAAAAAATCCTTTCAGGGGAAAGGCCCTCCCCAAAAAGAACCTACTGTGCCCCCCCAAAAAACCCGTTTAAAAACAAACCTGCCCCGGAACCCTTGGGGTCACACCGAATATATTTGGGGGGGGGGTTTCTTTCAATTCTTGGGACCGGGGCCTCCTAATTCTCCGTGGTTGTGGGTTGGGTGAAAAAACCCCCCCCCCCCCCAACACCTCACCAGGGGGTTTTTCTTGGGATAGAAAAGGGGGGGGGTGCCGCCGCGGCCATATTACCCCCCCCTTTATATTTTTTATTTGGGGGGGGGGGGGCGGTTAACTTTCTCTCTCCCCCCCCAAAAAAAAAAAATATTATAAAAAACACCCCCAACAAAAGCTGTTTTTGTGTGTGTGTGGGGTCGCCCCAACACCACCCACACACACAATACAATC 3 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1428 6e-65 osa-MIR1428c 6e-37 -39.6 ......(((...(((((((((((((((((..((..((((((((.(((....(((.((((.............))))....))).....))).))))))))..)).)))))))))))))))))...)))..... (-39.6)