mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTGCCCGAAGGGGACGTCCT GACGTCCCCTTACGGGAATATAAAT AGGACGTCCCCTTACGGGAATATAAATATTAGTGGCAGTGGTACCGCCACTGCCTATATTTATATACTCCGAAGGAACTTGTTAGCCGATAGGCGAGGCAACAAATTTATTTATTGTATATAAATATCCACTAAAATTTATTTGCCCGAAGGGGACGTCCT 3 1 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1143 4e-88 -76.8 (((((((((((((.((((...((((((.(((((((((((((.....)))))))).((((((((((((...(((.(((.(((((.(((.........)))))))).))).)))...))))))))))))..))))).))))))...))))))))))))))))) (-76.80)