mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGTAGTGTGGCGGCAGGCAG GCCCGCAGCACAATCACCAACC GTGCAGCAGGCTTGGTACCGGGCACGCCGGAGGTGGGTAGTGTGGCGGCAGGCAGCAGGCCTCGCGGGGCTGCTGGTGGTGGTGGAGCAGGACGACCGGCGCCCGTCCTCCTCCTCCTCCAACAGCGGCCCCGCGCTGCCAGCTGCCCGCAGCACAATCACCAACCCCCAGCGTACCCGGCTAAACACCGTGGGCCCACAGCAC 5 2 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1144b 1e-113 -123.5 ((((.(..((((((((.(((((.((((.((.(((.(((..((((.(.((.((((((.(((..(((((((((((((.(((.((.((((.((((((.........)))))).)))).)).))).)))))))))))))..))).)))))).)).)))))...))).))).)).)))).)))))......))))..))))..).)))) (-123.50)