mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTGGAGGAGGCCACTGGC CAGTAGCCTCCTCCACGTCT GGCGTGCGCAGCGGCGGCCGCCGCGGCTGAGGAAGCCATGATCGAGGCAGCGCAGGCCACATTGTAGGCCTGCCGCGCGGCTGTGTCACCTCTGACCAGGTGCGACGGGAAGCCGGGCTGCTGGGGCTGCTGCTGACCGCCAGTAGCCTCCTCCACGTCTTGTGCTAGCTCCGCAAGCACCGCGTCCTCTATGTCCGTCATGTCGGACTCGGCGTCGGAGCCAGGGCCCTCGGCTCGAGCATCAGTCGTCCGCGCTGCTGCTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGACATGACGGATATTGAGGACGCGGTGCTTGCGGAGCTAGCAGAGGACTTGGAGGAGGCCACTGGCGGTCAGCAGCAGCCCCAGCAGCCCAGCTTCCCGTCGCACCTGGTCAGCGGTGCGACAGCCGCGCGGCAAGCATACAACGTGGCCTGCGCTGCCTCCATCATGGCTTCCTCAGCCGCGGCGGCCGCCGGCTTCGAGAGCC 2 0 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1158 4e-149 -447.7 (((...((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((.((.((((((((((((((..((((.((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.....(((......))).(((((...))))).((((.(((.((....))))).)))).....................................................))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))..)))))))))))))).)).))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))).))).))...))) (-447.70)