mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTGGAGTTCTCAACAGC TGGAGTTCTCAACAGCTAGG GCCAGGTGACACCACACACCTACTGGAGTTCTCAACAGCTAGGTGACACCACACACCTACTGGAGTTCTCAACAGCTAGGTTTGGTTTGGT 3 5 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1161b 1e-46 -31 (((((.....((((...(((((((((((..(((..(((.((((((........))))))))))))..)))..))).))))).))))))))) (-31.00)