mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGTAGTAGTTTAGCCCTGC CGGCCTAAATTACTACAACACG GCGGGGCCCTGACACCACTGCGGCCGCCGGCCTAAATTACTACAACACGCCGCGCCTGGACCCGAGGGAGGACCCCTCGGGACCCGGTACGTCGTGTTGTAGTAGTTTAGCCCTGCGGTCGCGGTGGGGTCAGGTCCTTCCGC 2 0 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1162 2e-77 -106.9 ((((((.((((((.(((((((((((((.((.((((((((((((((((((.((..((.((.((((((((.....)))))))).)).))..)).)))))))))))))))))).)).))))))))))))).)))))).))..)))) (-106.90)