mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTGCAACAGGCCAGTGGTT CCACTGGCCTGTTGCACCAGC GGTGCTCTTCTGGTGCAACAGGCCAGTGGTTTGAGTGGTGGTCGACGGCAATTGCTTCAGTCTTACTTGCTTGGCTTACGTACGTACGCCTCAAGCAAGTAAGACTGAAGCAATTGCTGCCGACCACCGATCAAACCACTGGCCTGTTGCACCAGCAGAGCACT 0 0 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1164 6e-90 -138.7 ((((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.(((....))).)))..))))))))))))))))))))))))))).))))))))).))))))))))))))))))))))))).)))))))) (-138.70)