mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACCGTACAAGCGGTCCGTCC ACGGACCGCTTGTACGGATATG GCACTATACCGTACAAGCGGTCCGTCCTGCGCCCCATCCTGCGTTTGAAAACGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGACGGACCGCTTGTACGGATATGGCGC 0 1 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1165 5e-25 -52.8 ((.((((((((((((((((((((((((((.(...).....(((((....)))))...................................................))))))))))))))))))))).))))).)) (-52.80)