mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGATGTTGCTTGCTGGAT CCAGCAAGCAACATCCACATA TACGGTATCCAGCAAGCAACATCCACATAAGCCGGGGTTGGTAGCAACACATCTACCAACCCCGGCTTATGTGGATGTTGCTTGCTGGATACCGTG 0 0 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1169 1e-49 -88.7 ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((........)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))) (-88.70)