mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGG ACGCCCCCGTCCCTCCGCT GGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGGAGTGGGAGTGGGTGCAAGGGCGTGGGTGGGTGGGTGCGGCGGGCGCGCTTGTCGTGACACCTTGACTCATCACCCCGCCTCCAACGCCTCCAACGCCTCGCTACTCCCCCTGCAACCCCCTTCCCCACGCCCCCGTCCCTCCGCTCCC 1 4 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii pmrd 100 cre-MIR1171 0.0000000000002 -97.4 ((((((((((.(((.(((.(.((.((((.(.((((.(((((.((((((((.((...((((((.((.(((((...(.((((((.(.(...((((........))))....).))))))).)...))))))).)))))))))))))))).))....))).))))))))).))))))))))))))))))) (-97.40)