mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGAGGCAGCGGTTCATCGATC TTTTTAGCGTTGGGGTAAAGACACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGAGAATTTTGTTGTGAGAATAACACAAATACATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCCTTAACTCTCCATGAAGTTTTATGTTAGTTA 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum pmrd MIR162_2 1e-20 ghr-MIR162a 2e-80 -46.8 ....((((...(((((.(((.(.(((((.((((.((((.(((((((..(((.((...((((((((((....)))))).)))).)).)))..))))))).)))).)))).))))).).))).))))).(((((....)))))...)))) (-46.80)