mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGACCGGGG GGGGAATGTTGTCTGGACCGGGGACACTTGTGTTTCTAATCCGTTTTCCCTGCAATATTGTTCTGATTAACGTGGGGATCTTTATATTGCCCATTTTTGTAATGGATTAAGGTTGTACTAGTTTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCC 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum pmrd mir-166 0.000008 ghr-MIR166b 1e-72 -54.79 ((((((((..((((((.((((.((.(((.(((.(..(((((((((......(((((((.(((((.((....)).)))))....)))))))..........)))))))))..)...))).))).)).)))).))))))..)))))))) (-54.79)