mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTGAGCCGCGCCAATATC TGTTGGTGAGGTTCAATCCGA GATGTTGGTGAGGTTCAATCCGAAGACGGATTTACGAATTGATTCAGTCGTAAAATACGATCTCAGATTGAGCCGCGCCAATATC 2 0 3' arm Gossypium_hirsutum pmrd MIR171_1 2e-23 tcc-MIR171c 6e-36 -37.8 ((((((((((.(((((((((.((.((((..(((((((.(((...))))))))))...)).)))).))))))))).)))))))))) (-37.80)