mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATCT ATCATGCGATCCCTTCGGA TCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGTTGATGATGGGCTTCCTTGAAAACCTTAACGAATTAATTATTGATTTTTGTTGATTCAGTTCAGTACCCATTGGATCATGCGATCCCTTCGGA 1 1 5' arm Gossypium_hirsutum pmrd 100 ghr-MIR393 3e-63 -45 (((.((((((((((((.(((((((((....(((.((..(((...)))..)).....((((((((...........))))))))...))).....))))))))))))))))))))).))) (-45.00)