mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGCGGCCAGTATGTCAA TTGGCATTCTGTCCACCTCCATTGATGTACTTCTTCTTACCTAGCCAACTTATAAAATGATTTGTCTTTGAAGTAATGGAGGCGGCCAGTATGTCAA 4 0 5' arm Gossypium_hirsutum pmrd MIR394 0.00008 ghr-MIR394b 8e-48 -29.7 .((((((.(((.((.(((((((.....((((((.........((.(((.((((...)))).))).))..))))))))))))).)).))).)))))). (-29.70)