mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAAGTGTTTGGGGGAACTT TTTTCCTCGAACAACTGTAACG CTTTTTCCTCGAACAACTGTAACGGAACGGGTGAGACGGAGAAGGGAAAGGTGGTGTCCATTTGAAGCGAAATCGGATCATCCGCAATGGAGGATTTAGTAAAACCCAGGGACAGACCCGATTTAGTATGAAATAAATCCATTGAAACCCTAAAAGGGAAATTTTTTGAAGTGTTTGGGGGAACTT 4 1 3' arm Gossypium_hirsutum pmrd 100 zma-MIR395o 0.0006 -52.91 ...((((((((((((.((.(((..((.(((((((..(((.........((((((...)))))).........)))..)))))))(((((((..((((.(((.......(((.....))).......))).))))...)))))))...(((.....)))...))..))).))))))))))))))... (-52.91)