mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCCCCTGATCACTTCACTG GAGTTCCCCTGATCACTTCACTGGGGTTATGGGGTCTGCTCTTCTCTTCTCAGAGCCTTGTTAAAAGGGAGGTCTCCGATGACCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTC 4 0 3' arm Gossypium_hirsutum pmrd mir-395 0.000006 tcc-MIR395a 0.000000005 -51.9 (((((((((..(.(((((((...(((((((((((.((.(((((((((....)))).........))))).)).)))).)))))))..))))))).)..))))))))) (-51.90)