mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTGAGTGCAGCCGTGATA TCATGGCTAGGCCATAG TTATTGAGTGCAGCCGTGATATGCGAAGCACTGTGCCTTGCGAAGGGGACACTGCAGTGTTCAAGCATCAAGGTTAGGAATGGTGAAATGGAGGAATGGATGGGTTGCAATGGAAGGAGAAAACAAGAAAGATCATGGCTAGGCCATAG 7 1 5' arm Gossypium_hirsutum pmrd 100 100 -36.5 ....((.((..(((((((((.(((((..((((((.((((.......((((((....))))))...(((((..........))))).....)))).)))).))..)))))......(.......).......)))))))))..))))... (-36.50)