mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTGCCTACTCCACCCATGCC GATGGGTGAGGGGGTAAGACA GGGATGGGTGAGGGGGTAAGACAATGGACTGTTTCAGTCTTTTGGAAACAGAAATAAAGAAGAAGGCTGGTTTATGTCTTGCCTACTCCACCCATGCC 3 1 3' arm Gossypium_hirsutum pmrd 100 ghr-MIR482b 8e-51 -43.9 ((.(((((((((..(((((((((.(((((.....((((((((((....))...........))))))))))))))))))))))..)).))))))).)) (-43.90)