mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAATAAAAATAATAATGA TTATTATTATTATTGTCA TGTAAATTATTCATATGTTATTATTATTATTGTCACTATCATCATCACCTTTATTACTATCACCATCACCATCATTGTCTCTATCAATGATAGTGGCCATGATCAATAATGATAATAAAAATAATAATGATACTAATGGT 2 0 3' arm Glycine_max pmrd mir-598 0.0005 gma-MIR1533 2e-34 -26.36 .....((((((..((((((((((((.(((((((((...............(((((...((((...((((.(((((((.......))))))).))))...)))).)))))))))))))).))))))))).)))..)))))) (-26.36)