mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCT GCTACGAGAGAGCTGCTGC AACAGCTACGAGAGAGCTGCTGCTCAGTAAGTATCGGCTGACCAAAGAGTAAAAACTGGTGTCTTTTTGTGTTGCCAGATTTCTCATTCACATTAGAATTCCCGATTGTTAACAAGCAAGAAAGATTATCAGTACCATTAGGGCGCCTTGCCATCATGATGCCATCGGAAATTCTAGAGTGGGGATCGAACCGCTGGAAACCGGGCAGAAAAAGTCCGGACTGCAGTTTATTATTAAGATGGAGATCGGATAAAGATAACCCAAATTGAGCATGCCTGGCTCCCTGTATGCCT 4 4 3' arm Gossypium_raimondii pmrd mir-160 0.0003 far-MIR160 0.00002 -84.02 ....(((((.((.(((((((((((((((...(((((((.((((((((((.............))))))).)))))).((((((.(((((((.((((((((.(((((((((....)))))............(((.(((...(((.....)))...))).)))..)))).)))))))).)))...........((((.(..((((((.......))))))..).))))..........)))))))))).......))))......)))))))).))..))))).))))).)).. (-84.02)