mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGCCAATATC CTTGCGCGAGTACCGGATCACCGGTTTCGATCAGC TGATTGAGCCGCGCCAATATCCCTTGCGCGAGTACCGGATCACCGGTTTCGATCAGCTCTGCGGCCTGAATTAATTGGTCTATTATTGCCTGCTGAAGCTGTTGGTTCGCCATTTCA 9 16 5' arm Gossypium_raimondii pmrd MIR171_1 0.0001 bdi-MIR171a 0.00002 -32 (((((((..(((((...........)))))...(((((....))))).))))))).......(((..((((((((.(((........))).((....)).)))))))))))...... (-32.00)