mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT TGGCATTAGTGTAGT AGAATCTTGATGATGCTGCATGAGAGAACAGTGGCATTAGTGTAGTACTGACCTGACCGTGCATTTGCCACGGCCAATCAGGGACACGTTGTGGAGGATCGAATTCAACCGGTTTCACCATTGTTCTTTCCTCACTAGGAAAGAATCT 13 0 5' arm Gossypium_raimondii pmrd 100 zma-MIR172d 0.0001 -44 ..........((((((..(.((......)))..))))))((((....((((..((.((((((....).))))).)).))))..))))...((((.((((((........))))))..)))).((((((((((....)))))))))).. (-44.00)