mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAATCTTGATGATGCTGCAT GCAGCTGCAGGGTTCT AAAATCTTGATGATGCTGCATGAAAAAACAGTGGCATTAGTGTAGTACTGACCTGACCGTGCATTTGCCACGGCCAATCAGGGACACGTTGTGGAGGATCGAATTCAACCGGTTTCACCATTGTTCTTTCCTCACTAGGAAAAAATCTCGGATATGCACTATTCCAAAAAATAGGCTGATCTGAAGTCCCCGCTAACCCTTGGAAAGATGGAACACTAAATGTTGCAGCTGCAGGGTTCT 5 3 5' arm Gossypium_raimondii pmrd 100 100 -65.7 ..(((((((.....((((((.......((((((((((..((((....((((..((.((((((....).))))).)).))))..))))...)))..((((((........))))))..)))))))(((((((.....(((........((((((..((.(((((......)))))))..))))))(((....)))...))).)))))))...............))))))..))))))).. (-65.70)